Fernando de Noronha não está conectado à plataforma continental brasileira; o arquipélago é, na verdade, o topo visível de uma imensa cordilheira vulcânica submersa cuja base está a cerca de 4.000 metros de profundidade no leito do oceano. A geologia da ilha principal é marcada por rochas magmáticas escuras e imponentes plugues vulcânicos — magma resfriado que solidificou dentro da chaminé de vulcões antigos e resistiu à erosão, como o famoso Morro do Pico. Esse isolamento geográfico propiciou o desenvolvimento de espécies endêmicas e águas incrivelmente cristalinas.
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